对大宗、易计量的货物如茶叶（按担）、生丝（按包）、瓷器（按件）、蔗糖（按石）等，实行从量税，税率固定。

对高价值、品种繁杂的货物如西洋呢绒、玻璃器、香料、珠宝等，实行从价税，税率一般为“值百抽五”（5%），但奢侈品（如钟表、香水）可抽十，本国急需物资（如西洋书籍、精密仪器、良种）可减免，鸦片等毒物严禁进口。

所有货物需在海关指定码头卸货，经官吏查验、登记、估价、征税、粘贴“税讫”印封后，方准起岸入库或转运。

3. 附加税与规费：明令废除一切“陋规”、“火耗”、“杂派”。

但为弥补海关行政开支、港口建设及“养廉”所需，允许在正税之外，征收固定的、公开的“钞关税附加”（约为船钞的20%）和“货物查验保管费”（按货值极小比例）。

所有税费名称、标准张榜公布，严禁官吏额外索取分文。

第三，革新征税与稽查手段，运用技术，打击走私。

标准衡器与度量：由工部统一制造颁发标准砝码、丈尺、量器至各海关，定期校验，杜绝大小斗、长短尺之弊。

簿记与报表：推行新式复式记账法（由耶稣会士传入改良），要求各海关每日记账，每月结册，按季、按年造具详明报表，分送户部、都察院审计。

报表需列明船只数目、货物品类数量、应收实收税款、开支细目等，力求透明。

强化稽查：各海关配备缉私船队和巡丁，由熟悉水性的沿海民壮、退伍水师士兵组成，在口岸附近水域及沿海要道巡逻，严查绕越偷漏。

鼓励商民举报走私，查实后以没收货物价值的三成重奖。

对抓获的走私犯，无论华洋，一律按《大陈律》严惩，洋商走私则加倍罚款，屡犯者吊销贸易执照，驱逐出境。

“保商”与“行商”制度改造：保留并规范广州原有的“十三行”制度，但将其纳入海关管理体系。

行商需向海关缴纳巨额“行帖”保证金，并承担为其担保的外商纳税、行为的连带责任。

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行商不再是简单的中间商，而是协助海关管理外商、评定货价、办理交涉的半官方机构。

其利润来自官府允许的合法佣金，而非盘剥外商或勾结走私。

第四，改善口岸设施与服务，以便商为本。