五军都督府不仅存在，而且随着圣明对海外如澳洲、佛洲、欧洲的持续开拓，五军都督府的影响力有时甚至会超过陆军、水师都督府。

圣明的五军都督府是圣明卫所制军队体系之中的最高军事管理机构，其核心职责与兵部不同，可以概括为掌兵籍，管军政，统带军队，但无调兵之权。

五军都督府主要负责军队的日常管理和训练等事务，其具体职能可细分为以下四个方面。

第一，管理卫所军队。

负责管理圣明全国京内外的卫所军队，并负责各卫所将领的选拔更替、士卒操练和管理军户屯田。

第二，掌管卫所军籍与武官。

负责管理卫所体系下的军籍和武官世袭事务。

凡武职官员包括世官、流官、土官的袭替、优养、优给等事宜，都由各府处理并报送兵部。

第三，参与军事决策。

在战时，都督府负责具体的战术指挥。

重大军事行动，府内长官需要与皇帝商议。

第四，军内司法与文书。

中军都督府内设有五军断事官（从五品），该官职作为军内的最高司法官员，掌管五军的刑狱事务。

各府还下设经历司，设有经历（从五品）和都事（从七品），负责处理往来公文和衙门日常公务。

五军都督府和兵部存在并不矛盾，因为创立这个制度的朱元璋对这两个机构的职能作出了极其细致的划分。

兵部有任免升调将领的权力，但不能统帅军队打仗，即只拥有军队的调遣权（调兵权），负责“用”兵。

而五军都督府虽然有统兵作战、管理屯田、掌管军籍、推选将领的职能，但没有调遣军队的权力，即只拥有军队的管理权（统兵权），负责“管”兵。

这意味着，五军都督府可以管理、训练军队，但如果没有兵部的调令，就无法调动一兵一卒。

这一制度设计的初衷，就是为了防止武将权力过大，将军队大权牢牢掌握在皇帝手中。

同理，圣明的陆军都督府、水师都督府分别是圣明陆军募兵制军队体系、水师募兵制军队体系之中的最高军事管理机构，其核心职责与五军都督府一致，也可以概括为掌兵籍，管军政，统带军队，但无调兵之权。

与神洲大明不同的是，圣明的“五军”、“陆军”、“水师”三种都督府的内部官职与机构设置，经过乾熙创制、兴德增补、正宪调整、景和完善之后，到昌宁初年时已经较为完备，形成了一个结构清晰、分工明确的指挥管理体系。

都督府的核心领导层通常由以下高级将领组成。