如果说儒家士大夫对进化论的反感更多是基于哲学和伦理的抵触，那么对于在“启明”朝已有限传播的基督教来说，进化论则直接挑战了其信仰基石——《圣经》中的上帝创世记。

根据《创世纪》，上帝在六日内创造万物，各从其类，人类是上帝按自己形象所造，具有神圣性。

进化论则认为所有生物源自共同祖先，经过漫长自然选择演化而成，其间并无超自然的设计与目的。

在华传教士的分化：耶稣会士等天主教传教士，因其有融合科学与宗教的传统，对进化论的态度相对复杂。

一些人试图调和，提出“上帝通过进化过程创造万物”的“神导进化论”。

但多数传教士，尤其是新教基要派，则坚决反对，视进化论为“魔鬼的学说”，会摧毁信仰。

他们在自己办的学校、刊物上猛烈抨击进化论。

中国信徒的困惑：少数皈依基督教的中国信徒，面对进化论与《圣经》的明显矛盾，陷入信仰危机。

一些人坚持信仰，排斥进化论；一些人试图寻找调和之道；极少数可能因此动摇信仰。

“科学”与“宗教”论战的兴起：关于进化论的争论，迅速超出了纯科学范畴，演变为“科学与宗教”的大论战。

支持进化论的学者以“科学事实”、“自然规律”为武器；反对者则高举“神圣经典”、“上帝启示”。

双方在报刊上激烈交锋，都试图争取公众和朝廷的认同。

这是中国历史上第一次大规模、公开的“科玄论战”前奏。

进化论在更广泛思想界的发酵：

进化论的影响很快溢出了生物学和宗教领域，渗透到历史、社会、伦理等各个方面。

社会达尔文主义 的苗头：将“物竞天择，适者生存”应用于人类社会的思潮开始出现。

有人以此论证帝国主义 侵略的“合理性”，也有人以此激励民族自强。