5. 刑部：保留，职能优化。专司“国家律法修订、复核天下刑名重案”，与都察院、大理寺权责进一步厘清。

6. 工部：大规模拆分重组。保留 “重大官营工程营造、官办工坊管理” ，将其水利、交通、城建等职能剥离。

7. 新设“国防部”：整合原五军都督府部分职能（如作战规划、训练）及兵部部分职能，作为 “军事建设与方略指挥之核心” ，直接对皇帝与内阁负责，与兵部形成“令”与“政”之配合制衡。沈惊鸿于奏疏中力陈其必要性，并建议由深得帝心之宿将出任。

8. 新设“文教部”：整合原礼部所辖之国子监、地方官学体系，以及格物学堂、女子学堂等新兴学府，统一管理 “天下教化、科举革新与各类学堂事务”。

9. 新设“科技部”：于“格物院”基础上擢升，成为 “格物致用之总汇” ，负责格物学规划、督研、推广与行业标准制定，并与“工业部”协同。

10. 新设“工业部”：整合原工部部分职能、户部部分职能及内府作坊管理权，负责 “矿冶、制造、百工之政令，及新兴之路等事”。此为帝国工业化之引擎。

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11. 新设“交通部”：整合原工部都水清吏司（水利交通部分）、兵部车驾清吏司（驿传部分）等职能，统管 “全国之铁路、公路、运河、港口之规划、建设与营运”，终结政出多门之弊。

12. 新设“农政部”：整合原户部部分职能，负责 “劝课农桑、推广新种新法、管理屯田、振兴乡里”，固帝国之本。

13. 新设“商务部”：整合原市舶司、钞关及相关贸易管理职能，执掌 “促进海内外商贾、管理市舶、吸引蕃资、拓展商路”，以应蓬勃之商潮。

14. 新设“勘测部”：负责 “勘测、管理天下田土、山林、川泽、矿藏等自然资源，并定章防治污秽，护育生态”。此部体现了沈惊鸿超越时代的远见。

15. “都察院”：保留并强化其 “风宪之地，监察百司，纠劾官邪” 之权，为独立之监督利剑。

16. “大理寺”：保留，明确为 “天下刑名之最高复审”，强化司法之威。