因太平道举黄巾起义，魏晋之主对民间早期道教多有警惕，遂行打压、利用与改造之策。道教由是分化，或靠拢上层，或隐遁山林，或续为民间起义所用。曹操挟汉献帝以令诸侯，广罗方士、道士，张鲁归降后，曹操对五斗米教分其政教、徙其民众，覆灭其政教合一之政权。五斗米教于迁徙之中加速分化，唯蜀地天师道尚得传播发展焉。

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且彼时士族渐崇道教，遂生天师世家。丹阳葛洪，总结神仙方术之思想，构修炼成仙之法，合神仙方术与儒家纲常名教，立长生成仙之理论体系，使神仙信仰理论化，丰道教思想之内容，为上层士族道教发展奠定根基也。

南北朝之时

其间，寇谦之、陆修静力改道教，使教规教戒、斋醮仪范等渐次定型。寇谦之得北魏太武帝之支持，称太上老君授其 “天师” 之位，命其清整道教，除去三张（张道陵、张衡、张鲁）伪法，制定乐章诵诫新法，道教由是成官方宗教焉。陆修静则整道教经典，分类编订，又制斋戒仪范，令道教仪式益加规范。

道士陶弘景着《真灵位业图》，为道教立完整之神仙谱系，将神仙分作七等，各等有主神，左右配以诸神仙，成一等级森严之神仙世界也。

隋唐之期

唐之统治者，崇信道教，以老子为祖，追封老子为 “太上玄元皇帝”，力倡道教。至唐玄宗时，道教臻于全盛，大兴宫观，设崇玄馆，以《道德经》等为科举考试之内容，其间成玄英、司马承祯等道教学者辈出，推道教理论建设，如成玄英之重玄学，对 “道” 之阐释愈加深透。

彼时，道教各道派相互融合、发展，上清派、灵宝派等符箓派于社会影响颇大，内丹修炼之术亦渐受重视，为宋之内丹学繁荣奠基也。

赵宋之代

宋之崇道尤盛，宋真宗为掩澶渊之盟之耻，假托天书下降，封禅泰山，尊奉玉皇大帝，大兴宫观，道教地位因而大升。宋徽宗自号 “教主道君皇帝”，设道官、道学，编修道史，道教几近国教之位也。

符箓派于宋代依旧活跃，如龙虎山正一道、茅山上清派、阁皂山灵宝派等 “三山符箓” 盛行于世。且内丹学于宋代获极大发展，张伯端着《悟真篇》，尊为南宗始祖，其倡导之内丹修炼理论及方法，对后世道教影响深远，致内丹学成道教修炼之主流也。

蒙元之时