阎应元深知，百姓安，则天下安。他以身作则，与官员们同吃同住，亲自前往田间地头，指导百姓耕种。在他的努力下，辽东的流民，纷纷返乡，荒芜的土地，重新焕发出勃勃生机。

与此同时，袁崇焕也开始着手整顿辽东吏治。他颁布了严格的考核制度，对辽东各地的官员，进行全面的考核。凡是贪腐渎职、欺压百姓的官员，一律罢官免职，情节严重者，更是直接投入大牢。同时，他从大明内地，选拔了一批清廉能干的官员，充实到辽东的各级官府。

在袁崇焕的铁腕手段下，辽东的吏治，焕然一新。百姓们再也不用忍受苛捐杂税的盘剥，生活渐渐安定下来。

洪承畴与卢象升，则率领大军，深入辽东北部的山林。建奴的残余势力，如同惊弓之鸟，躲藏在山林之中，时常出来骚扰百姓。洪承畴与卢象升，采取了“步步为营，层层清剿”的策略。他们将大军分成数十个小队，对山林进行地毯式的搜索。

明军凭借着先进的火器与骑兵优势，清剿行动进展得异常顺利。建奴残部缺乏粮草与武器，又得不到百姓的支持，根本无法与明军抗衡。往往是刚一露头，便被明军剿灭。

历时两个月，辽东境内的建奴残余势力，被全部肃清。女真八旗的主力，几乎被歼灭殆尽，仅剩下少量残部，逃往漠北，投靠了蒙古部落。

清剿行动结束后，崇祯下令，改编建奴的降兵。凡是愿意归顺大明的建奴士兵，一律编入“辽东归化营明军八旗营”，由祖泽润统领，受明军节制，负责辽东边境的防御，后期海外殖民的时候，他们是先锋的不二人选。凡是不愿归顺的，则发放路费，遣返回女真故地，严禁他们再踏入辽东一步。

为了纪念在辽东之战中牺牲的明军将士与忠义之士，崇祯下令，在沈阳修建一座英烈祠。英烈祠内，供奉着数万名将士的牌位。每逢清明时节，百姓们纷纷前来祭拜，缅怀那些为收复辽东而牺牲的英雄。

在经济方面，大明皇家公司加大了对辽东的投入。公司在沈阳、辽阳、盖州等重镇，开设了大量的商铺与钱庄。他们将大明内地的玉米、红薯等高产作物，推广到辽东各地。同时，收购辽东的皮毛、人参、硫磺等物资，通过海外贸易网络，远销至西洋各国。

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西洋的海商们，也纷纷涌入辽东。他们带来了西洋的商品，与大明皇家公司开展贸易往来。辽东的皮毛、人参等特产，通过西洋的商船，运往欧洲各国，为大明赚取了大量的白银。

经过半年的治理，辽东的局势，逐渐稳定下来。流民纷纷返乡，土地得到开垦，农业生产恢复，商业日益繁荣，百姓安居乐业。辽东总督府的各项工作，也步入了正轨。边防巩固，吏治清明，一派欣欣向荣的景象。